Hermanns Nachfolger Adolf von Neuenahr- Moers (1553-1589) berief dafür den Pädagogen, Philosophie- und Theologieprofessor Johannes Piscator (1546-1625) zum Rektor; 1582 bezog die Schule das Kloster. Wenig später kam der Schulbetrieb zum Erliegen, durch Krieg und die Eroberung von Moers durch die Spanier im Jahre 1586. Das Kloster wurde den Karmelitern zurückgegeben. 1601 wurde Moritz von Oranien (1567-1625) Herr von Moers, setzte die evangelische Kirchenordnung wieder in Kraft und kaufte das Kloster. Die Schule wurde städtisch und durch den Landesherrn und Stiftungen von Bürgern unterstützt. 1634 erhielt sie eine grundlegende Satzung.

Der Unterricht war auf die alten Sprachen ausgerichtet, die Oberstufe auf die Vorbereitung auf die Universität. Die 1702 folgende preußische Regierung kümmerte sich wenig um die Schule, die zwischendurch, als Moers 1757-1763 und seit 1794 französisch besetzt war, als Scheune diente. 1815 wurde Moers wieder preußisch; das Gymnasium, 1821 zum Progymnasium heruntergestuft, war nun, mit neuen Sprachen und Naturwissenschaften, eher eine Bürgerschule. 1874 wurde aus dem Progymnasium wieder ein vollgültiges Gymnasium mit humanistischem Bildungsanspruch. 1893 ging das Adolfinum in staatliche Trägerschaft über - der evangelische Charakter blieb erhalten. 1898 bezog es einen Neubau in der Homberger Straße.

1928 zog das um eine Oberschule in Aufbauform erweiterte Adolfinum in das renovierte Gebäude des staatlichen Lehrerseminars ein, das 1820 bis 1925 in Moers bestanden hatte. Die Aufbauschule war konfessionell nicht gebunden und koedukativ. In der NS-Zeit wurde das humanistisch ausgerichtete Adolfinum 1937/38 zur Oberschule für Jungen, Latein wurde weitgehend, Griechisch ganz abgeschafft. Heute liegt der Schwerpunkt neben den alten Sprachen auf den Naturwissenschaften.

Im Zweiten Weltkrieg wurde der Schulbetrieb im Oktober 1944 eingestellt, das Schulgebäude am 8. November 1944 zerstört. Der Unterricht begann wieder im Oktober 1945 in den Räumen des Martinstifts. 1951 wurde die wieder aufgebaute Schule bezogen, die bis 1971 altsprachliches Gymnasium blieb und Anfang der 1980er Jahre der Umwandlung in eine Gesamtschule entging. 1979 entstand neben dem Altbau ein umfangreicher Neubau. Seit 2003/04 passen Umbauten das Schulgebäude an den Bedarf von heute an.