Der Vorläufer der heutigen Oberen Wassermühle war ein Teil einer Schleusenanlage, die in Friedenszeiten die Moerser Wallgräben trocken hielt. Diese Schleusenanlage an der Mühle war die Besonderheit der Verteidigungsanlage von Moers. Mit ihrer Hilfe blieben die Schlossgräben in Friedenszeiten trocken und in Kriegszeiten wurde die Schleusenanlage geöffnet . Das Wasser stieg auf solch enorme Höhe an, dass sämtliche umliegenden Felder und Wiesen überflutet wurden. So konnte Moers nicht eingenommen werden.
Erste Nachweise der Wassermühle finden sich auf der Karte "Murs Comitatus" 1591 von Johannes Mercator. Dort ist die Mühle mit "Vol mull" (Walkmühle) eingezeichnet. Die Mühle ist eine Zwangsmühle und bildete mit der Stadtwindmühle am Kirchtor durch das Moerser Mühlenreglement von 1612 eine festgelegte Betriebseinheit. Sie wurde im Volksmund auch Aumühle genannt.
Im Jahre 1981 wurde das vorhandene Mühlenhaus mit einem Anbau versehen. Die Stadt Moers konnte von der abgebrochenen alten Beskesmühle in Niep die Mahlwerke und das Mühlrad käuflich erwerben, die nun durch den Mühlenbauer Klaus Vosdellen aus Nettetal in den Anbau eingebaut wurden. Aber schon 1984 war eine neue Reparatur mit einem Kostenaufwand von 6.000 DM erforderlich. Ende 1988 stand das Mühlrad wieder still. Es war durch Schädlingsbefall zerstört.
Im September 1991 wurde das Mühlrad nebst den Antriebsrädern und der Königswelle ausgebaut und ein neues Mühlrad angefertigt.
Das Mühlengebäude war im Jahre 1907 von der Familie Parsik an die Stadt Moers verkauft worden, wurde aber bis in die 50er Jahre noch bewohnt. Ab 1995 zog die Töpferin Gerda Obertreis mit ihrem Atelier in die Mühle ein und bewohnte diese bis zu ihrem Tode im Juli 2005.
In der Baudenkmalliste wurde die Mühle 1982 eingetragen.
Im Dezember 2006 erwarb der SCI die Wassermühle und restauriert diese seit dem Jahre 2007 in einem Bauhüttenprojekt mit Fördergeldern und größtenteils in Eigenarbeit. Neben einer Backstube mit Steinofen soll im Haupthaus eine Hausmeisterwohnung eingerichtet werden.